Por defecto los ficheros estáticos están en el directorio static. Este puede ser cambiado desde la definición de la aplicación:

app = Flask(__name__, static_folder='my_html', static_url_path='')

De esta forma decimos que el directorio my_html queda redireccionado a la raíz.
También podemos decir que el fichero index.html dentro del directorio my_html (recordemos que ahora está mapeado como static) será la raíz del programa:

@app.route('/')
def home():
    return redirect(url_for('static', filename='index.html'))