Una vez instalado en C:\Archivos de programa\Db4objects\db4o-7.8\bin tendremos localizadas las distintas librerías, por ejemplo, la necesaria para utilizar db4o en programas de escritorio es C:\Archivos de programa\Db4objects\db4o-7.8\bin\net-3.5\Db4objects.Db4o.dll.

En Ubuntu puedes conseguir db4o desde el repositorio oficial.

Primero deberemos incluir la referencia a Db4objects.Db4o y los namespaces necesarios para acceder a las clases que utilizaremos:

using Db4objects.Db4o;

Para abrir una base de datos deberemos llamar al método estático OpenFile de la clase Db4oFactory pasandole la ruta del archivo de DB con el que vayamos a trabajar. Esto devolverá un IObjectContainer que representará a la base de datos.
El método Close del IObjectContainer cerrará la DB.

IObjectContainer db = Db4oFactory.OpenFile(@"c:\prueba.db");
try {
  // Operaciones con la base de datos
}
finally {
  db.Close();
}

La versión 6.0 es una versión accesible con las versiones actuales de Mono (21 de febrero de 2010), sobre ella puede utilizarse LINQ y es perfectamente usable. Aún así no utilices un ObjectManager de una versión superior sobre una DB de esta versión porque la corromperá.

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• ObjectManager

Para ello lo haremos con el método Get del IObjectContainer, pudiendo hacerlo de dos formas:

1. Pasándole el tipo del que queremos todos los elementos mediante el typeof.
2. Pasándole un objeto vacío del tipo que buscamos.

// Forma 1:
IObjectSet result = db.Get(typeof(Car));
foreach (var b in result)
    Console.WriteLine(((Car)b).marca);
// Forma 2:
IObjectSet result = db.Get(new Car () { marca = null });

Para lanzar la consulta simplemente llamaríamos al Get sólo asignando la propiedad por la que queremos buscar:

IObjectSet result = db.Get(new Pilot () { Name = "Pedro" });

Aunque las versiones anteriores de Mono tienen un uso bastante precario de LINQ este sí que puede ser aprovechado para las consultas a una base de datos db4o.
La siguiente query busca el nombre de los pilotos con un mini ordenando el resultado por el número de coches que estos tienen:

var result = from p in db.Query<Pilot>()
             from c in p.lCars
             where (c.marca == "MINI")
             orderby p.lCars.Count
             select p;
foreach (var r in result)
    System.Console.WriteLine(r.name);