R

Es un lenguaje y entorno de programación para análisis estadístico y gráfico.
Existe un IDE para trabajar con el lenguaje denominado RStudio. Para instalarlo en Ubuntu añadiremos el paquete r-base.

• dim(variable): Devuelve la dimensión de una variable (filas x columnas).
• class(variable): Devuelve el tipo de datos que es la variable.
• summary(variable): Devuelve un resúmen (máximos, mínimos, número de elementos de una categoría…) de una variable (matriz, data.frame…).

Mostrar por pantalla:

• print(variable): Muestra por pantalla un texto.
• sprintf(“formato”, variables): Devuelve, no lo muestra, un string formateado.

Strings:

• s = paste(s, “Delta”, sep=“”): Concatena al string s la palabra Delta con ninguna separación.

Listas:

• a = c(2, 3, 5): creará una lista de tres números.
• a = c(c(2, 3, 5), 3): creará una lista de cuatro números.

Trabajo con paquetes:

Para la ayuda:

• ?? funcion: Busca en la ayuda disponible los registros que casan con el nombre de esta función.
• help funcion: Muestra la ayuda para la función.

En R son denominadas factor y sus categorías levels.

Podremos crear una variable categórica a partir de una que no lo es (asignando los distintos valores que tiene como levels) de la siguiente forma:

Dictamen <- factor(Dictamen)

Podremos ver los levels de una variable factor mediante:

levels(Dictamen)

Podremos cambiar los nombres de los levels mediante:

levels(Dictamen) <- c("positiu","negatiu")''

• ifelse(a>0,a,0) : Operador ternario.

• rep: genera una serie de valores repeticas veces.

> rep(1:4, 2)
[1] 1 2 3 4 1 2 3 4
> rep (c(1,2), 2)
[1] 1 2 1 2
> rep (0, 5)
[1] 0 0 0 0 0

Para cambiar los valores de un conjunto de datos lo podremos hacer como sigue (aquí cambia los registros de Ingressos que tengan valor 99999999 o 0 por NA):

Ingressos[Ingressos == 99999999 | Ingressos == 0] <- NA

Si en vez de convertirlos a NA los quisiesemos eliminar (el ejemplo elimina los registros que no tienen 0 ni en la columna 1, en la 3, en la 6 ni en la 8):

dd <- dd[dd[,1] != 0 & dd[,3] != 0 & dd[,6] != 0 & dd[,8] != 0,]

Si quisiesemos ver un conteo del contenido podríamos hacer (el ejemplo devuelve el número de registros que tienen en la columna 1 un 0):

table(dd[,1]==0)

Contar el número de elementos que tienen en la primera variable el valor concreto…

sum(datos[,1] == 2)

Seaparar unos datos Data en dos tablas y de forma aleatoria:

learn <- sample(1:150, 75)
mydata.learn <- Data[learn, ]
mydata.test <- Data[-learn, ]

Para conocer el número de filas y de columnas de un conjunto de datos utilizaremos la funcion nrow y ncol respectivamente.
La función rbind te permite concatenar dos conjuntos de datos, el segundo después del primero.
Podemos recoger un subconjunto si, por ejemplo, tenemos en una variable idxs los indices así: sub ← conjunto[idxs]. O el subconjunto negativo restante sub ← conjunto[-idxs].

Creación de una matriz:

> A <- matrix ( c (1 ,2 ,3 ,4) ,2 ,2 , byrow = TRUE )
> A
     [,1] [,2]
[1,]    1    2
[2,]    3    4

> a <- matrix ( c (1 ,2 ,3 ,4) ,4 ,1)
> a
     [,1]
[1,]    1
[2,]    2
[3,]    3
[4,]    4

• scale(X) centra y reduce (normaliza) la matriz X.
• Para aplicar una función sobre una matriz utilizaremos apply. Esta recibe como primer parámetro la matriz, como segundo sobre qué se aplicará (1 = filas, 2 = columnas, c(1,2) = filas y columnas) y la función: apply (x, 2, sum).
• Con la combinación de signos %*% podemos hacer el dot product (producto escalar) (no sé si es dot product o scalar product, también existe %o%).
• diag(x) recibe un vector x y lo coloca como diagonal en una matriz de 0.
• t(x) recoge la matriz traspuesta de x.

Para crear un Data Frame a partir de dos vectores de dimensión igual:

dd <- data.frame(x,y)

Para leer un archivo de datos (un csv separado por tabs, columnas…) y cargarlo en un data.frame usaremos:

datos <- read.table("alpha.csv",header=T)

• attributes (var): Devuelve las propiedades\acciones que se pueden hacer sobre el dataframe var.
• names(var): Devuelve los nombres de las columnas del data frame.
• variable$nombre_columna: Acceso a una columna del dataframe.

Mediante attach(var) haremos accesibles (sin necesidad de acceder por dataframe$columna sino como variables) las columnas del data frame.
Para eliminar una columna de un data frame: datos$beta2=NULL

if(datos$beta1[i]==1)
    producto_preferido[i] = 1

producto_preferido <- nrow(252)
for (i in 1:252) {
	producto_preferido[i]=NA
	if(datos$beta1[i]==1)
		producto_preferido[i] = 1
}

> for (i in 1:10) {
	print(c(sum(datos[,i] == 1) / nrow(datos), sum(datos[,i] == 2) / nrow(datos)));
}

Para crear la función p.xk a la que se le pasan dos parámetros, lo que devuelve es el resultado de último comando ejecutado.

p.xk <- function(vec,fac){nk <- as.vector(table(fac)); n <- sum(nk); xk <- tapply(vec,fac,mean);
           txk <- (xk-mean(vec))/(sd(vec)*sqrt((n-nk)/(n*nk))); pxk <- pt(txk,n-1,lower.tail=F)}

Si en una función queremos devolver datos complejos haremos lo siguiente, esto sería: cv = cvalidation(datos); cv$learn;

cvalidation = function (dframe) {
  nregs = nrow(dframe);
  nind_group = nregs/10;
  ilearn = sample(1:nregs, nind_group * 9);
  dlearn <- dframe[ilearn,];
  dtest <- dframe[-ilearn,];
  list(learn = dlearn, test = dtest);
}

• try(data()) devuelve los paquetes de datos disponibles.
• data(iris3) carga los datos de iris3. Por ejemplo, para trabajar con ellas:

data(iris3)
Data <- data.frame(rbind(iris3[,,1], iris3[,,2], iris3[,,3]), Sp = rep(c("s","c","v"), rep(50,3)))

Generación de una distribución normal:

x <- rnorm(50)

Recoger la desviación estándard de una matriz, un vector o un dataframe:

sd(X)

Aunque también podríamos sacarlas (pero centradas con center o escaladas con el vector unidad con scale) con:

pc1 = prcomp(X, scale=T)
pc1$sdev

Para crear un objeto “regresión linear” a partir de las columnas x,y de un dataframe deberemos indicarlo con ~:

reg1 <- lm(dd$y ~ dd$x, data=dd)

reg2 <- loess(y ~ x, data=dd)

• plot(x): Muestra en un gráfico de puntos los elentos de x. Podríamos hacer también plot(x,y), que sería poner x en función de y.
• hist(x): Muestra en un histograma la forma de x.

• Hacer plots 3d: los encontrarás en el paquete rgl. Contiene funciones como plot3d…

data(HouseVotes84, package="mlbench")
model <- naiveBayes(Class ~ ., data = HouseVotes84) # Entrenamiento, predecir Class
pred <- predict(model, HouseVotes84[,-1])           # Prediccion (sobre los mismos datos)
table(pred, HouseVotes84$Class)                     # Tabla de confusión \ contingencia

En el package class:

aux = datos[,-10] # Volcado de los datos menos la columna Ingressos
aux1 = aux[!is.na(Ingressos),] # Cogemos los Ingressos que no tienen NA de aux en aux1
aux2 = aux[is.na(Ingressos),] # Cogemos los Ingresos que tienen NA de aux
knn.ing = knn(aux1,aux2,Ingressos[!is.na(Ingressos)]) # Hacemos el knn con los que no tienen NA sobre los que sí tienen 
Ingressos[is.na(Ingressos)] = knn.ing # Asignamos los nuevos valores

Denominada pvalk.con de nresp filas y ncon columnas y asignar los nombres de las columnas y las filas a partir de una categórica y de otra matriz:

pvalk.con <- matrix(NA,nresp,ncon)
rownames(pvalk.con) <- levels(tmp)
colnames(pvalk.con) <- row.names(pvalcon)

rm(list=ls())

• Comparación de MATLAB y R, sacada de http://www.math.umaine.edu/~hiebeler/comp/matlabR.html.